O Comité de Coordenação é o órgão máximo da ITIEM e tem um Coordenador Nacional, que neste caso é o representante efectivo do Ministério dos Recursos Minerais e Energia, que preside as sessões na ausência do Ministro. Integra representantes da Sociedade Civil (4 assentos), Empresas Mineiras e Petrolíferas (4 assentos) e Governo (4 assentos). O Comité de Coordenação ainda possui três assentos para Observadores.

O Comité de Coordenação reúne-se ordinariamente quatro vezes ao ano e extraordinariamente, sempre que se mostrar necessário.